5S管理咨询活动的清洁，是通过检查前3S（整理、整顿、清扫）所开展的程度，来判定现场5S管理咨询能力和水平，一般要制定对各类人员、物品、资源、环境等情况的检查判定表，去进行实际检查，目的是为了打造明朗的现场，并维持之前的3S成果，将操作方法和要求标准化。例如：
1、桌椅、货架、物品、办公台、文件资料、标识、区域划分等；
2、全部规范化以后，每个责任区创建一块5S管理咨询看板。
整理：
1）物流通道转弯太多，搬运车行驶不便；
2）人行通道和货品通道未明确区分；
3）工作区域与通道混淆无明确划分。
整顿：
1）未将通道部位使用区划线分割；
2）标识的空间或位置被占为它用；
3）物品摆放超过限定区域，或占用通道；
4）地面凹凸不平，高低不平，行人、运输车统统不易通过。
清扫：
1）积尘：尘土多，人或车辆经过之后有印痕；
2）积液：有存水、油渍、碎纸等；
3）脏污：有尘土、污迹之处；
4）设备脏污：很久未打蜡或刷漆，表层生绣。
什么才是正常的5S管理咨询活动清扫的功效呢？
开展5S管理咨询活动，根据整理、整顿，区分出必要与不必要的，并将必要的进行三定，保障从指定区域取出的物品必须完好可用，这是清扫的主要的功效。
国内的制造业有许多无尘化、智能化的“无人化”工厂。而这些无人化工厂也并非真正的没有人，而是自动化的水平很高，现场的作业人员总数很少。很多人说：人是造成现场5S问题的源头，例如：人身上所携带的尘土。换句话说，高度自动化的公司若能真正确保无人运行成功，平稳，减少了人的因素所造成的污染，环境的洁净程度也就提高了。
尘土虽小，但长年累月的积累，导致它毁坏功效却很大。机器上有尘土，就会造成氧化，便会侵蚀设备而锈蚀。侵蚀、锈蚀易导致插口松脱，导致脱落，零部件变型，甚至产生破裂，出现故障，因此尘土的危害确实很大。清理它就是要使工作环境内，包括工具、设备上完全没有尘土。
因而在工作过程中，每个员工都要去关注、留意工具、设备的细节变化，认真、细致地维护好设备，为设备创造一个干净、整洁的工作环境，设备才可能保证“零故障”，假如设备有尘土的侵蚀，那故障自然也会随之滋生。
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